Je to už 20 rokov, čo sa svetoví vodcovia dobrovoľne podriadili nadvláde mimozemských síl a XCOM, posledná obranná línia ľudstva, bol ponechaný napospas záhube. Svet sa zmenil na nepoznanie!

Mimozemšťania teraz vládnu Zemi a rýchlo sa púšťajú do budovania oslnivých miest, ktoré sú prísľubom lepšej budúcnosti pre ľudstvo. Nič však nie je také dokonalé, ako sa na prvý pohľad zdá - mimozemšťania majú totiž tajný, desivý cieľ. Tí, ktorí sa pokúsia vzdorovať, za to tvrdo zaplatia.

Z prísľubu slobody sa môžu tešiť len tí, ktorí obývajú okraje sveta. Práve v týchto končinách sa ľudia snažia obnoviť svoje sily a zhromaždiť armádu, ktorá by sa postavila na obranu záujmov ľudstva.

Zvyšky špeciálnych jednotiek XCOM musia nájsť spôsob, ako povstať z popola a získať späť svoju silu, pokúsiť sa odhaliť desivú pravdu o okupácii a raz a navždy zlikvidovať mimozemskú hrozbu.