Roly sa vymenili. Organizácia XCOM prechádza do ofenzívy. Tvárou v tvár obmedzeným zdrojom však musí zo svojho nového mobilného veliteľstva podnikať partizánske nájazdy proti mimozemským silám. Hráči budú musieť kombinovať hrubú palebnú silu s tichou taktikou, verbovať nových vojakov pre XCOM a budovať sieť odporu. Len tak môžu odhaliť zákerné plány mimozemšťanov a zachrániť ľudstvo.

Svet sa zmenil. Uplynulo 20 rokov odvtedy, čo sa svetoví vodcovia dobrovoľne podriadili nadvláde mimozemských síl. XCOM, posledná obranná línia ľudstva, bol ponechaný sám sebe. Mimozemšťania, ktorí teraz ovládajú Zem, sa rýchlo pustili do budovania oslnivých miest, ktoré sú prísľubom lepšej budúcnosti pre ľudstvo. Nič však nie je také dokonalé, ako sa na prvý pohľad zdá - uzurpátori majú tajný, desivý cieľ. Tí, ktorí sa pokúsia vzdorovať, za to tvrdo zaplatia.

Z prísľubu slobody sa môžu tešiť len tí, ktorí žijú na okraji sveta. Práve v týchto končinách sa ľudia snažia obnoviť svoje sily a zhromaždiť armádu, ktorá by sa postavila na obranu záujmov ľudstva. Zvyšky jednotiek XCOM musia nájsť spôsob, ako povstať z popola a znovu získať silu, pokúsiť sa odhaliť desivú pravdu o okupácii a raz a navždy eliminovať mimozemskú hrozbu.