TMNT využíva rovnaké temné a nebezpečné prostredie ako film od Imagi Animation Studios. Hra sa odohráva v New Yorku, ktorý je preplnený zločincami a podivnými tvormi. Počas boja proti tomuto nebezpečenstvu zažívajú korytnačky najťažšie chvíle ako hrdinovia a ako rodina. Raphael, Donatello a Michelangelo strácajú sústredenosť a majú problém vychádzať s ostatnými a udržať si svoju nindža disciplínu. V hre je na Leonardovi a vernom majstrovi Trieskovi, aby dali partiu opäť dokopy a zachránili New York pred zlom, ktoré číha za každým rohom. Hráči na to využijú skvelú akrobatickú akciu, kooperatívny boj a silné bojové pohyby.