Hra vás vtiahne do magického sveta Zlatého kompasu, ktorý vytvorilo štúdio zodpovedné za filmovú trilógiu Pán prsteňov. Je to svet, v ktorom čarodejnice lietajú na ľadovej oblohe, obrovské obrnené medvede bránia svoje kráľovstvá a odporní škriatkovia unášajú deti do ľadových pustín. V tomto svete všadeprítomného nebezpečenstva a zároveň úžasného dobrodružstva sa hrdinka Lyra Belacqua vydáva na cestu za záchranou svojich blízkych. Jej strýko, lord Asriel, bol uväznený a jej najlepší priateľ Roger unesený. Na ceste jej pomáha zvierací démon Pan, ako aj obrovský a mocný ľadový medveď Iorek a tajomný Zlatý kompas, vec, ktorá hovorí pravdu a pomáha celej skupine nájsť cestu.