Na rozdiel od ostatných hier zo série Shinobido sa táto hra skladá z rôznych dejových línií, ktoré opisujú rôzne udalosti, ktoré ovplyvňujú postavy a celú Utakatu. Hoci je tu hlavný konflikt, ktorý sa odohráva väčšinu hry, niekedy sa dostáva do pozadia na množstvo misií. Po udalostiach z predchádzajúcej hry ninjovia Asuka úspešne obnovili dedinu Asuka. Príbeh začína v chvíli, keď Goh dostane list od Sadame, v ktorom píše, že Akame najala Kabuta, aby ukradol jej dokumenty, a že ju prekvapilo, že Kabuto stále žije. Goh sa vydáva do rezidencie Akame, aby ju získal späť. Keď sa ponoríme hlbšie do hry, Ičidžo si plánuje vziať dcéru susedného feudálneho pána, princeznú Azami, ale pán súhlasí, len ak Goh zlikviduje nindžu Kenobiho, ktorý desí obyvateľov mesta. Pán prijme Ičidžovu ponuku, až Goh splní zadanú úlohu. V deň svadby zaútočia na Ičidžóa tajomní banditi, ale ich zastaví Goh, a tak Ičidžo pošle Goha, aby to vyšetril. Goh čoskoro zistí, že traja samurajskí generáli Ičidžóa zradili, jedného z generálov zajme a zistí, že za svadobný incident je zodpovedná Miroku, kňažka Sadame, a dokumenty, ktoré získa od Akame, sú Sadameho denníky, v ktorých stojí, že viera Amuritha je len jej výtvor. Goh sa vydá do kláštora k Miroku a porazí ju, potom Goh náhle zmizne. Ráno Zaji a Kinu hľadajú Goha v kláštore, ale nenájdu nič, len mŕtve telá.