V hre PROTOTYPE ovládate Alexa Mercera - genetického mutanta, ktorý dokáže meniť svoju podobu. O svojej minulosti nič nevie a tvrdohlavo sa snaží odhaliť tajomstvo svojej existencie. Pritom sa pohybuje po husto obývanom New Yorku a pohlcuje každého, kto mu stojí v ceste - absorbuje jeho fyzickú identitu, spomienky a schopnosti. Dej hry potom zmení vojna, v ktorej proti sebe stoja tri strany: Alex, armáda s elitnou divíziou Blackwatch a ľudia nakazení vírusom nazývaným "Infected". Ponorte sa do hlbín 40 rokov pripravovaného sprisahania! PROTOTYPE je svieža hra s otvoreným svetom, ktorá sa zásadne líši od ostatných svojho druhu. Hlavným hrdinom je antihrdina Alex Mercer, ktorý dokáže meniť svoj vzhľad podľa ľubovôle. Príbeh sa odohráva vo fantasticky vykreslenom New Yorku v roku 2008. Hra v štýle "oklamať a zničiť" vám umožní buď splynúť s davom, alebo uvoľniť všetky Alexove deštruktívne schopnosti. Všetko beží na inovatívnom engine "Titanium" od spoločnosti Radical Entertainment. Na tomto engine už vzniklo množstvo titulov vrátane The Incredible Hulk, Simpsons Hit & Run a ďalších. V hre PROTOTYPE™ vás jednoducho čaká akcia, akú ste ešte nezažili. Bojujte ako super vojak proti nepriateľom s úžasnými schopnosťami. Odhaľte tajomstvá hlavného hrdinu. Preskúmajte ulice New Yorku. Nadprirodzená rýchlosť a sila hlavného hrdinu. Alexove schopnosti a špeciálne sily ako odmena za splnenie misií. Neustále sa meniaci stav 4 zón mesta. Možnosť prevteliť sa do svojho protivníka.
Prototype 2 je priamym pokračovaním prvého dielu z roku 2009, ktorý predstavil antihrdinu Alexa Mercera. Alex sa v Prototype 2 objavuje znova, tentoraz ako úhlavný nepriateľ nového protagonistu hry, seržanta Jamesa Hellera, ktorého sám prostredníctvom vírusu premenil na mutanta. zavraždiť svojho stvoriteľa. To bolo motto tajomného projektu ešte predtým, ako bol oficiálne oznámený ako Prototype 2. Ste seržant Heller a Mercer je váš cieľ.
Ten sa stratil 14 mesiacov po vypuknutí bojov v New Yorku. Armáda sa snaží obnoviť poriadok a rozdelila mesto na tri bezpečnostné zóny podľa úrovne nákazy. Červená zóna je najhoršia, kde má vírus navrch a vládne v nej chaos. James Heller je rodený Newyorčan a vojenský veterán z konfliktov v Afganistane a Iraku. Keďže počas epidémie prišiel o manželku a dcéru, je plný hnevu a túžby po pomste. Dobrovoľne sa prihlási do služby v červenej zóne. Chce zomrieť a zároveň so sebou vziať čo najviac mutantov.
Hlavná mutantská "výhoda" Jamesa Hellera spočíva v špeciálnych mäsitých úponkoch, ktoré vystreľuje zo svojich morfujúcich rúk a chytá nimi akýkoľvek predmet, či už sú to autá alebo nepriatelia. Tie potom môže brutálne roztrhnúť alebo odhodiť. Medzi ďalšie schopnosti patrí krádež identity akejkoľvek osoby spojená s dočasnou premenou antihrdinovho vzhľadu. Heller tak využíva podobné "privilégiá" mutanta, čiastočne ovládajúceho svoju zákernú chorobu, ako v prvej epizóde Mercer. Intenzita mestského konfliktu sa však za tie mesiace, čo trvá, nezmenšila, práve naopak. Opäť sa teda objavuje séria vypätých situácií v pouličných bitkách s prevahou zhlukov nakazených a ozbrojencov podporovaných ťažkými