Hra Prince of Persia: Sands of Time vás zavedie do stredovekej Perzie, kde prežíva legenda rozprávaná v starovekom jazyku. Hovorí o dobe, ktorá sa zrodila z krvi, dobe, v ktorej vládli lži a podvody. A práve v tejto vojnou zmietanej krajine objaví mladý princ magickú dýku. Priťahuje ho jej temná moc, ktorá ho zmätie natoľko, že oslobodí smrteľné zlo a pustí ho do obrovského kráľovstva jeho otca.

S pomocou tvrdohlavej a zvodnej princeznej a absolútnej moci nad pieskami času sa princ vydáva na náročnú výpravu, aby oslobodil komnaty prekliateho paláca a obnovil mier v samotnej štruktúre času. Týmto nebezpečenstvám však musí čeliť opatrne. Pretože v tomto svete platí len jedno pravidlo: Vládni pieskom... alebo zahynúť.