V hre Pet Zombies in 3D si môžete vychovať vlastných hnijúcich humanoidných kamarátov, ktorí majú špeciálnu stravu (napríklad mozgy), fyzickú údržbu (alebo skôr jej nedostatok) a rôzne morbídne činnosti, ktoré im spríjemňujú ich nemŕtvu existenciu.


Na strašidelných cintorínoch, v opustených obchodoch alebo na zničených vojenských základniach sa môžete so svojimi zombíkmi hrať, starať sa o nich alebo ich nemilosrdne mučiť. Každé trojrozmerné prostredie si môžete skrášliť zmesou rôznych predmetov, rekvizít a dokonca aj hudbou, ktorú majú vaše nemŕtve potvory najradšej. V priebehu hry sa stretnete s novými zombíkmi, ktorých môžete pridať do vlastnej bandy a vhodne im znetvoriť tváre, upraviť rýchlosť rozkladu, ich oblečenie a všetky ostatné predmety, ku ktorým sa počas hry dostanete. Pri niektorých činnostiach, ako je napríklad kotúľanie zombie hláv bludiskom, môžete využiť akcelerometer Nintenda 3DS. Počas hrania tiež získavate rôzne trofeje alebo herné peniaze, ktoré potom môžete minúť v obchode Zombie Pet Shop.