Dvanásť esperantov s nadľudskými schopnosťami zhromaždila na plávajúcej lodi záhadná nadnárodná entita známa len ako Svet. Ich spoločný príbeh sa možno skončil, ale ich vlastný sa ešte len začína.
Minulosť, prítomnosť a budúcnosť, tri rôzne spôsoby príbehu Norn9: Last Era sa zbiehajú, vrátane skúmania minulosti postáv pred ich spoločným životom na lodi. Hra tiež prerozpráva udalosti hry Norn9: Var Commons z nových perspektív a príbehov odohrávajúcich sa po udalostiach prvej hry.