Hra Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 3 obsahuje doteraz najväčšie rozšírenie postáv, vďaka ktorému môžu fanúšikovia hrať za svoju obľúbenú postavu zo série, či už kladnú alebo zápornú. V príbehovom režime sú hráči vrhnutí do série dramatických udalostí v dedine Konoha. V intenzívnych bitkách sa postavíte proti bossom nevídaných rozmerov, dokonca vrátane obávaného obra Nine-Tails.