Metal Gear Solid Portable Ops nás zavedie do roku 1970. Naked Snake alias Big Boss prevzal velenie špeciálnej jednotky FOX, ale čoskoro zradil dôveru svojho veliteľa, vymkol sa spod kontroly a zriadil si základňu na obsadenej vojenskej základni kdesi v juhoamerickej džungli (polostrov s príznačným názvom La Peninsula de los Muertos, teda polostrov mŕtvych). Spolu s tým členovia jednotky FOX vyhodili pred nosom CIA do vzduchu niekoľko jadrových hlavíc, ktoré hodlajú poslať smerom k Sovietskemu zväzu - to aby udalosti dovtedy nechutne studenej vojny postrčili k o niečo horúcejšiemu konfliktu.