Osud galaxie je neistý a Master Chief je jediný, kto môže zachrániť ľudskú rasu. Celý epický príbeh smeruje k tomuto bodu. Master Chief, posledný svojho druhu, je bojovník zrodený pre boj, vychovaný pre vojnu, jediná nádej pre ľudstvo. Po tom, čo bol "vyčistený" zo Zeme na vesmírnej lodi s príznačným názvom Forerunner, musí geneticky upravený a kyberneticky vylepšený spartský "supervojak" uháňať späť na Zem, aby raz a navždy zastavil armádu Covenantov a zachránil tak ľudstvo. V stávke je príliš veľa na to, aby mohli urobiť čokoľvek iné, než sa im postaviť tvárou v tvár. V HALO3, treťom pokračovaní legendárneho eposu, sa vojna blíži k svojmu záveru. Počet a sila Potopy narastá, pozemské armády sú rozprášené a zdecimované a navyše hrozí, že Covenant aktivuje Halo, ktoré je schopné zničiť všetok život v galaxii.