Ganryu 2 je pokračovaním hry Ganryu, ktorú vytvorila spoločnosť VISCO v spoločnosti NEOGEO v roku 1999. Príbeh sa odohráva vo feudálnom fantasy Japonsku, ktoré je silne inšpirované príbehom Takezo Musashiho, ktorého dobrodružstvá sú rozpracované v sérii kníh (najmä "Kameň a meč").
Hráte za Mijamota Musašiho, ktorý cestuje fantastickým Japonskom 17. storočia zo severu na juh až na ostrov Ganrju-džima, kde sa to všetko medzi Musašim a Kodžiróom začalo.
Po víťazstve nad Kodžirem sa Musaši rozhodol meditovať a venovať sa svojmu umeniu na severe Japonska, v provincii Hokkaido. Počas jednej z meditácií ho kontaktoval duch: "Mijamoto Musaši, náš boj sa neskončil, čakám, že náš boj raz a navždy ukončíš! Za tvoju urážku zaplatí celé Japonsko! Čakám na teba, Mijamoto Musaši!"
Pre Musašiho niet pochýb, že hlas patril Kodžiróovi. Jeho telo bolo porazené, ale jeho duch zostal a jeho zámery sú stále ničivé. Mijamoto Musaši vtedy pochopil, že bude musieť precestovať celé Japonsko od severu na juh a dostať sa na ostrov Ganrjú-džima, kde prvýkrát porazil Sasakiho Kodžiróa, aby znovu bojoval a navždy oslobodil jeho ducha.