Daxter predstavuje úplne nový pohľad na svet Jak and Daxter, pretože konečne umožňuje hráčom hrať za múdreho pomocníka.
Cieľom Daxtera je posunúť svet Jak & Daxter novým smerom a umožniť hráčom pozrieť sa naň z úplne inej perspektívy.
Hra sa odohráva v priebehu dvoch rokov, ktoré Daxter strávi snahou nájsť a oslobodiť Jaka, ktorý bol uväznený počas udalostí vedúcich k začiatku Jak II.
Daxter je teraz odkázaný sám na seba, na neznámom mieste, a rýchlo si uvedomí, že to, že je malý a chlpatý, mu na šanciach na prežitie veľmi nepridáva.
Daxter prijme prácu deratizátora, aby pomohol zlikvidovať záhadné zamorenie hmyzom, a preskúma časti Haven City, kde zbiera stopy, aby našiel Jakea