Cortex Strikes Back je pokračovanie úspešnej plošinovky, v ktorej je postavou hráča Crash Bandicoot. Cieľom hry je zhromaždiť 25 kryštálov. Kryštály sú rozptýlené medzi 25 rôznych úrovní, prístupných prostredníctvom „Warp Rooms“, čo sú oblasti hubu hry. Úroveň je dosiahnutá zozbieraním kryštálu a dokončením úrovne, potom sa vracia Crash do miestnosti s výberom úrovní. Každá miestnosť Warp obsahuje päť úrovní. Keď je všetkých päť úrovní dokončených, musí hráč poraziť postavu šéfa, než získa prístup do ďalšej miestnosti.

 Crash môže vyskočiť vyššie, než obvykle. Všetky jeho techniky možno použiť ako útočné opatrenia proti väčšine nepriateľov, ktorí slúžia na odrazenie Crashovho postupu. Na obrnených nepriateľov nemožno skočiť, zatiaľ čo nepriatelia, ktorí útočia spredu alebo majú postranné hroty, môžu byť zneškodnení zo skoku.