Čosi zlovestné sa chystá, vŕby miznú z krajiny víl a kráľovná víl požiada Silk, aby vyhľadal čarodejnicu Natu de Cotton a požiadal ju o pomoc. Cotton je ochotná pomôcť svojej starej priateľke a spoločne sa vydávajú na ďalšie dobrodružstvo.
Cotton Fantasy sa hrá podobne ako predchádzajúce hry zo série. Okrem tradičných úrovní s bočnou mechanikou má hra aj úrovne ako v Panorama Cotton a Rainbow Cotton. Mechanika Jewel Fever z Rebootu bola prepracovaná a z nepriateľov teraz padajú predmety vždy, keď ich zasiahne kúzlo.