V Carrier Command: Gaea Mission sa stanete veliteľom lietadlovej lode blízkej budúcnosti a pristávate v neznámom prostredí. Preskúmavanie všetkých jeho tajomstiev a využívanie ostrovov bohatých na nerastné suroviny bude spočiatku kľúčom k pokroku, ale musí prebiehať pokiaľ možno rýchlo. Smola je, že planéta Taurus je bojiskom medzi United Earth Coalition (UEC) a Asian Pacific Alliance (APA), z ktorých druhí menovaní získali v apokalyptickom konflikte nadvládu nad Zemou...

Bojovať proti nim budete s pozemnými, leteckými aj námornými jednotkami (napr. futuristické stíhačky, obojživelné vozidlá, droidi), čo všetko prebehne v pohľade z vlastných očí. Postupom času postavíte bázy a pokúsite sa zostaviť sieť ostrovov zameraných na obranu, ťažbu či výrobu, ktoré prepojíte dodávkami zásob a naopak sa snažíte narušiť logistiku protivníka na jeho najzraniteľnejšom mieste. Zabúdať sa pritom nesmie, že každý ostrov vyžaduje odlišnú taktiku. Plnením dynamicky generovaných misií v tomto otvorenom hernom priestore nájdete lepšie technológie a zbrane - plazmový kanón, guľomet, navádzané rakety, obranní droidi a pod.