Verzia pre Game Boy má rovnaký príbeh ako verzia pre NES a mení prostredie súčasnej verzie pre NES na futuristické. Hráč sa ujíma úlohy Rada Spencera (Ladd v pôvodnej verzii pre NES), agenta FF Corps (FF Battalion vo verzii pre NES), ktorého úlohou je zachrániť svojho spojenca Super Joea pred armádou Doraizov a zastaviť ich vodcu. , riaditeľa Wisemana (pomenovaného podľa postavy Weizmanna z japonskej hry Famicom, ktorá bola v lokalizácii pre NES premenovaná na Killta), z tajného projektu Doraizejskej armády s krycím názvom Albatros.

Táto verzia tiež posúva vojenskú tematiku prítomnú v origináli do oblasti viac sci-fi. Uniformy a prilby nepriateľov sú nahradené futuristickým brnením a "ostnatými" vlasmi. Táto verzia tiež pridáva modernejšie filmové úvodné a záverečné sekvencie. Vďaka týmto sekvenciám a kresbám postáv v dialógoch hry je verzia pre Game Boy viac zameraná na príbeh.