Joker znovu na scéne, rozkošné prostredie Gotham City tiež. To všetko v temnom háve ako prvý diel.

Príbeh titulu Batman Arkham City sa odohráva asi rok po udalostiach prvého dielu. Bývalý dozorca z Arkhamského blázinca Quincy Sharp získal uznanie za zastavenie Jokera a šikovne použil svoju slávu, aby sa stal starostom Gotham City. Ako prvý muž Gothamu rozbehol svoj tajný plán, na ktorý ste v jeho kancelárii mohli naraziť už v jednotke. Ani Arkham, ani Blackgate väznica nedokážu udržať tých najnebezpečnejších väzňov. Preto Sharp kúpi veľkú časť chudobných štvrtí v Gothame, oplotí ich, na ne posadí batalióny cvičených vojakov a vytvorí tam doslova peklo na zemi - Arkham City. Takmer okamžite sú tam posielaní nebezpeční zločinci a je im sľúbená relatívna voľnosť, pokiaľ sa nebudú pokúšať uniknúť. Poverený dozorom nad týmto miestom zla je psychiater Hugo Strange, ktorý je však sám prípad pre psychiatra a má zrejme s Arkham City svoje plány.