Pol storočia po tom, čo odboj Červenej frakcie a jej spojencov oslobodil Mars od brutálnych Pozemských obranných síl, je harmónia na Marse opäť ohrozená, ale tentoraz je smrtiaca sila zahalená tajomstvom.
Keď je zničený mohutný Terraformer, ktorý zásobuje Mars vzduchom rovnako ako na Zemi, atmosféra sa zmení na chaos, planétu pohltia supertornáda a blesky. Aby kolonisti prežili, musia utiecť do podzemných baní a vybudovať sieť obývateľných jaskýň.
O päť rokov neskôr Darius Mason, vnuk hrdinov marťanskej revolúcie Aleca Masona a Samanyi, vedie z Bastionu, na križovatke metra, výnosný obchod. Ťažba, upratovanie, práca žoldniera v niektorých prípadoch je práca nebezpečná, Darius je váš človek. Niekoľko rozumných ľudí, ktorých podnikanie na povrchu zničilo, sa stáva odberateľmi od dodávateľov, ako je Darius, a pašerákov, ktorí vedú obchody medzi osadami.
Keď Dariusa oklamú, aby znovu otvoril záhadnú šachtu v starom marauderskom chráme, uvoľní sa dlho spiace zlo, ktoré na Marse spustí Armagedon. Ako kolonista zistíte, že marauderské osady sú roztrhané na kusy. Je možné, že ľudstvo môže zachrániť len Darius a Červená frakcia. Bitka sa bude odohrávať na celej búrkou zmietanej planéte a pod ňou, v jej samotnom srdci.